После начала операции в Сирии стали появляться сообщения о воздушных атаках России против мирных жителей, а также об ударах по позициям членов оппозиционных группировок арабской страны. В четверг, 1 октября, Reuters, ссылаясь на сирийских оппозиционеров, выступил с утверждением, что российская авиация нанесла два удара по тренировочному лагерю в провинции Идлиб, в котором представители ЦРУ готовят повстанцев для борьбы с войсками президента Башара Асада. Председатель комитета по вооруженным силам сената США Джон Маккейн также заявлял CNN, что целями некоторых ударов российских самолетов стали не боевики «Исламского государства», а бойцы «сирийской оппозиции».
30 сентября Халед Ходжа, руководитель Национальной коалиции сирийских революционных и оппозиционных сил — объединения умеренной оппозиции — заявил Reuters, что в результате российских атак погибли 36 мирных жителей.