Рабе считает, что паром был взорван, поскольку той ночью в Швецию перевозили военное наследие СССР — радиоактивные материалы, вещества для производства биологического и химического оружия.
Эстонский политик, заместитель председателя парламентской комиссии Эстонии по расследованию дела катастрофы парома Эвелин Сепп, которая в 2006 году отказалась подписывать заключение комиссии о том, что на «Эстонии» на было военного груза, подтвердила, что между Швецией и Эстонией в 1993 году была заключена договоренность о транспортировке военного наследия. Договоренность по-прежнему является государственной тайной и документы, связанные с этим, являются секретными.
Представитель шведских родственников погибших указал, что многолетние утверждения о том, что на пароме «Эстония» перевозили военное наследие, считаются слухами и «теорией заговора», однако Апелляционный суд Швеции в 2006 году подтвердил, что два раза «Эстония» тайно перевозила военный груз из Таллинна в Стокгольм, один из них — за неделю до трагедии, таким образом той роковой ночью на палубе мог находиться неизвестный груз, который мог стать цепью трагических событий.
Подозрительным кажется и тот факт, что в последний момент на паром заехали два грузовика, из-за которых рейс был на 15 минут задержан. Этот факт тоже долго называли «слухами», однако, как указал Берглунд, это подтвердили два шведских свидетеля.
Одна из машин свидетельнице показалась военным транспортным средством, она прибыла в порт в сопровождении эскорта мотоциклистов незадолго до отхода парома. Второй свидетель указал на странные обстоятельства в связи с принадлежностью машин и груза. Оба отмечали, что в грузовиках был тайный, опасный груз, который не должен был находиться на обычном пассажирском пароме. Один груз в декларации был вписан рукой, второго там вообще не было. Эти свидетельства не расследовались, отметил Берглунд.