Из-за разногласий с руководством Одесской киностудии некоторое время работала на "Ленфильме", где в 1978 году сняла картину "Познавая белый свет".
Среди работ Муратовой - "Долгие проводы" (1971, фильм вышел на экраны только в 1987 году, тогда же получил призы на кинофестивалях в Тбилиси и Локарно), "Перемена участи" (1987), "Астенический синдром" (1989, награда на 40-м Берлинском фестивале, премии "Ника" и "Созвездие").
Картина Муратовой "Настройщик" (2004) была удостоена трех премий "Ника", а в 2005 году - главного приза "Золотая лилия" на 5-м Международном кинофестивале Центрально- и Восточноевропейских фильмов в немецком Висбадене, трех наград Международного кинофестиваля "Евразия" (Алма-Ата, Казахстан).
Лента "Мелодия для шарманки" (2009) признана лучшей картиной года на фестивале "Киношок-2009", получила приз за лучшую женскую роль (Елена Косюк) на 31-м Московском международном кинофестивале, премии "Ника". "Вечное возвращение" (2012) - премии "Ника" и премии Гильдии киноведов и кинокритиков России "Белый слон", напоминает ТАСС.
Ко многим фильмам Кира Муратова сама писала сценарии. Снималась в картинах "Опасные гастроли" Георгия Юнгвальд-Хилькевича (1969), "Сад желаний" Али Хамраева (1987), документальном фильме "Посторонний" Владимира Климова (1993).
Народная артистка Украинской ССР (1990). Была награждена российским орденом Дружбы (2004), украинскими орденами Ярослава Мудрого III, IV и V степеней (2009, 2004, 1999). Лауреат Государственной премии Украины имени Александра Довженко (2002). В 2007 году стала лауреатом общенациональной программы Украины "Человек года". Лауреат российской премии "Триумф" (1995). Кира Муратова жила в Одессе.