Одной из самых известных в биографии Алексея Ботяна стала операция по освобождению Кракова зимой 1945 года. Группа, которой командовал Ботян, захватила инженера, который рассказал разведчикам о складе с взрывчаткой, которую нацисты планировали использовать для подрыва исторической части Кракова. Ботяну удалось внедриться под видом грузчика на склад и установить мину, которую привели в действие во время наступления Красной армии. «Взрыв был такой сильный, что не только этот замок полетел вверх, но и все здания, которые там были рядом, все были уничтожены», - рассказывал Ботян. По его словам, нацистское командование планировало взорвать с помощью этой взрывчатки плотину недалеко от Кракова, чтобы затопить город.
Об этих событиях в 1967 году советский писатель Юлиан Семенов написал роман «Майор Вихрь», в том же году экранизированный режиссером Евгением Ташковым. В числе прототипов для собирательного образа майора Красной армии Андрея Бурлакова (Вихря) были Алексей Ботян, будущий Герой Украины Евгений Березняк, а также разведчик и писатель Овидий Горчаков.
После окончания войны Ботян служил во внешней разведке, с 1947 года работал разведчиком-нелегалом на территории Чехословакии. В 1955 году был отозван из Чехословакии в Москву и уволен по сокращению штатов, которое проводилось в рамках реорганизации органов госбезопасности. С апреля 1955-го по 1957 год работал администратором-переводчиком (старшим метрдотелем) в московском ресторане "Прага", при этом поддерживая связь с контрразведкой КГБ. В 1957 году был снова принят на работу в Комитет госбезопасности, получив звание майора.