Каждую высылаемую на поселение семью или домохозяйство, проживавших вместе, нужно было тайно взять на учет и оформить в отдельное дело. В целом, семьи делились на три категории. Во-первых, «кулацкие» семьи, т.е. чуть более успешные крестьяне, которые нанимали рабочую силу, владели сельскохозяйственными машинами или признанные кулаками по другим причинам уже с 1947 г. и обремененные повышенными налогами. Вторую крупную категорию составляли семьи лесных братьев и их помощников, которых чужая власть определяла как «участников бандформирований».
К третьей категории относились семьи лиц, связанных с невооруженным движением за независимость, или на советском жаргоне семьи «националистов». То, что большую часть депортированных составляли женщины и дети, можно объяснить тем, что в большинстве семей не осталось отцов, братьев и сыновей. Они были убиты, попали в заключение, или скрывались в страхе репрессий. Также решили выслать часть семей «легализовавшихся», или уже вышедших из леса.
Коварный план предполагал изъятие оставшихся от депортированных домов и другого крупного имущества. Все было устроено таким образом, что переписыванием имущества занимались те самые прикрепленные к оперативной группе местные активисты. Поэтому народ часто помнит в качестве организаторов именно их, и миф о том, что народ сам себя депортировал, не спешит развеяться.
Подготовка к депортации в Эстонии по большей части была завершена к 15 марта. В Литве справились к 18 марта. К операции припустили в ночь на 25 марта, в сельской местности начали в районе 6 часов утра, но не везде все пошло гладко, как по плану. Участившаяся слежка, большие скопления военных и сбор транспортных средств не могли остаться незамеченными в таком маленьком сельском обществе, как в Эстонии. Даже во время операции слухи об идущей акции доходили еще до прибытия оперативной группы. Так, к вечеру второго дня депортации удалось поймать лишь три четверти подлежащих аресту людей, и пришлось задействовать все резервы.