В ходе процесса судья, по мнению защиты, активно помогал обвинению. При этом один из свидетелей, который в тот момент сам находился под следствием, в суде рассказал, что следователь посещал его в СИЗО и склонял дать нужные показания в обмен на смягчение приговора. Суд решил, что он все это выдумал.
В марте 2008 года Невзлин писал в Мосгорсуд, что получил повестку уже после начала разбирательства, обвинения против него необоснованны, разбирательство - несправедливо, а его адвокат был лишен возможности подготовиться к защите. Он также заявлял, что обвинение было политически мотивировано.
По итогам процесса защитник Невзлина заявил, что следствие и суд велись с нарушением российского законодательства и Европейской конвенции. Но суд вынес обвинительный приговор. В Верховном суде приговор устоял.
Суд в Израиле отклонил запрос о его экстрадиции, не найдя в нем ни одного прямого доказательства причастности Невзлина к вменяемым ему преступлениям. В решении израильского суда говорится, что в четырех случаях доказательства ограничивались признаниями лиц, совершивших преступления, в том, что тот, кто их направлял, утверждал, что послан Невзлиным. Такие слухи по израильским законам считаются недопустимым доказательством. При этом в запросе о выдаче не было ни одного доказательства, связывающего убитого с Невзлиным.
В 2013 году суд в России добавил к пожизненному сроку Невзлину еще шесть лет по обвинению в хищении акций российских предприятий.