Войтес родилась в Москве в 1936 году, осенью 1944 года начала обучение в Новосибирске, а затем продолжила учебу в Вильянди и Тарту. После окончания школы она начала изучать библиографию в Тартуском государственном университете на факультете истории и лингвистики. В 1957 году дебютировала на сцене университетского театра в оперетте «Фиалка Монмартра», где исполнила главную роль. В 1969 году Войтес стала примадонной «Эстонии» и осталась ею на два десятилетия.
Войтес знали по запоминающимся комическим ролям, среди них роль Фиориллы в опере «Турок в Италии» Джоаккино Россини, а также партия в оперетте «Летучая мышь» Иоганна Штрауса. Последними работами певицы в опере «Эстония» стали заглавная партия в «Альцине» Георга Фридриха Генделя и роль Олимпии в опере Жака Оффенбаха «Сказки Гофмана».
Войтес также много выступала за рубежом. В 2010 году издательство Kunst опубликовало биографию Маргариты Войтес под названием «Запечатляя чудо».