Таким образом, число эстонцев, желавших эвакуироваться в Германию, в последний момент значительно сократилось. В то же время в городе участились столкновения между немцами и эстонцами, из-за чего коменданту города, генерал-майору Артуру Бисле, пришлось отдать распоряжение забрать у эстонцев оружие.
В своем докладе Герок писал, что 21 сентября обстановка в Таллинне стала напряженной: гражданские лица сорвали с башни Длинного Германа немецкий военный флаг и захватили Таллиннскую радиостанцию. На улицах происходили перестрелки, опустошались военные склады. Два батальона эстонцев, выставленные на внешнюю линию обороны Таллинна, покинули позиции и двинулись на восток, чтобы начать партизанскую войну.
Позже до руководства боевой группы Герока дошли сообщения о том, что эстонцы планировали в Таллинне восстание: хотели отобрать у немцев оружие и интернировать их. По их оценке, им удалось избежать этого только благодаря вечерней атаке советских ВВС, которая вынудила эстонцев остаться в укрытиях.
В конце доклада Герок написал: «Причиной беспорядков могли стать люди, зараженные коммунистической идеологией, и националистически настроенные круги, а также слухи среди гражданского населения о том, что немцы хотят уничтожить жизненно важные предприятия города. Члены эстонской военизированной организации «Омакайтсе» с горечью жаловались, что тех, кто на протяжении трех лет во всем помогали немцам, не проинформировали вовремя о предстоящих событиях и оставили под ударом».
При этом неясно, были ли опасения немцев основаны на какой-то конкретной информации.