В сентябре 2024 года ЭПЦ МП подала в регистрационный отдел заявление об изменении устава и названия церкви, предложив новое название: Эстонская православная церковь. Регистрационный отдел передал рассмотрение заявления судье, который посчитал предложенное название вводящим в заблуждение, поскольку, по его мнению, оно ошибочно охватывало всех православных верующих Эстонии.
Согласно недавнему судебному постановлению, новое название соответствует закону: оно не вводит в заблуждение ни в отношении целей деятельности церкви, ни ее масштабов, ни правовой формы. Суд счел обоснованными и понятными разъяснения заявителя о том, что новое название точно цели и сферу деятельности церкви, которая является христианской православной церковью, действующей в Эстонии. По мнению суда, в условиях свободы вероисповедания нельзя делать вывод о том, что какая-либо церковь может охватывать всех верующих.